První písemná zmínka o kostele a vesnici Klení je z roku 1334. Od roku 1352 byl kostel farním, později filiálním pro obec Soběnov a to až do roku 1786. Za své existence kostel prošel několika stavebními úpravami. Obsahuje řadu hodnotných stavebních konstrukcí z období středověku, jako je jižní vstup a část obvodového zdiva se zjevnou pasportou středověkého okna.
V období let 1450–1500 – pozdní gotiky (vláda Jiřího z Poděbrad, Jagelonců a Ladislava Pohrobka) byl vybudován pozdně gotický západní vstup se dvěma malými okny. Kostel musel mít v té době pravděpodobně dřevěnou zvonici, neboť jeden ze zachovalých zvonů nese letopočet 1485. Na severní straně byla přistavěna sakristie, která byla později zbořena.
V letech 1495–1535 byla vystavěna pozdně gotická hřbitovní zeď s portály. Zeď byla vzhledem ke své historické hodnotě v loňském roce zapsána jako kulturní památka. V období let 1550–1600 byla vystavěna raně barokní předsíň.
Nejrozsáhlejší přestavbou kostela byla barokní přestavba v 1. polovině 18. století (vláda Karla VI. a Marie Terezie), kdy byl původní dřevěný povalový strop nahrazen novým zastropením - valenou klenbou s výsečemi u okenních otvorů. Konstrukce nového zastropení spočívá na dodatečně přizděných půlpilířích. Na východní straně byla přistavěna věž a provedena demolice severní sakristie. V obvodových stěnách byly probourány nové okenní otvory, provedena vestavba kruchty, byly vyzděny dva diagonální oltáře a vítězný oblouk. Vystavěn byl nový krov se zastřešením. Kostel byl vybaven novým mobiliářem. V té době byla do tehdy stávající ohradní hřbitovní zdi také vystavěna márnice – kostnice.
Roku 1786 připadl kostel trvale k farnosti Benešov nad Černou.
Ve druhé polovině 19. století – roku 1873 (vláda Františka Josefa I.) byl po požáru objektu vybudován nový krov s vyšším sklonem, zastřešený dřevěným šindelem.
Jedny z posledních písemně zmiňovaných stavebních úprav se uskutečnily v roce 1902 za faráře Johanna Suchana.
V meziválečném období bylo provedeno zastřešení věže drobnými eternitovými obdélníkovými šablonami, které nesly letopočet 1926.
V roce 1994 bylo provedeno statické zajištění kleneb lodi kostela s novým zastřešením
V roce 1998 byla zhotovena nová konstrukce kupole věže s plechovou měděnou krytinou.
Od roku 2013, kdy jsme kostel získali do výpůjčky, se snažíme kostel opravit. Podívejte se, jak nám to jde.