14. století
Klení má starobylý původ a připomíná se od roku 1334. Původně ves náležela několika členům nižší šlechty. Patřila k benešovskému dvoru (3 km jižně) a později spolu s ním připadla k panství Velešín (13 km szz.).
15. století
Roku 1429 se tu připomíná Michal ze Klení a na konci 15. století přešla osada k Žumberku (5,5 km sv.) pánů Pouzarů z Michnic.
17. století
V roce 1602 si nárokovali Klení Rožmberkové a roku 1620 připadlo hraběti Buquoyovi. Jeho rodoví následovníci tu setrvali v pozici vrchnosti až do zrušení poddanství, načež získala vesnice samosprávu a připadla k soudnímu okresu Nové Hrady (politický okres Kaplice).
19. století
Poněmčelá obec evidovala v roce 1890 i se samotami Altrichter, Berghiesl, Blossl, Graben, Pleichter a Teichhauseln 448 německy mluvících obyvatel v 78 domech. Za vlády císařovny Marie Terezie byla v obci zřízena triviální škola, kterou v roce 1880 nahradila škola obecná s němčinou coby vyučovacím jazykem.
20. století
Roku 1928 navštěvovalo jednu třídu 44 dětí a ještě v září roku 1945 sem prý nastoupilo vedle jednoho Čecha 86 německých dětí (i z okolí), čekajících na odsun.
Časem zprovozněná česká škola přivítala potomky nových dosídlenců a fungovala až do konce školního roku 1959/60. Následující rok přešlo 10 klenských žáků do Benešova nad Černou, kam je ves přiškolena dodnes. Učebna v Klení sloužila od 60. let jako škola v přírodě pro děti z průmyslových oblastí.
V poválečných letech 1949-59 spadalo Klení ke kaplickému okresu. V roce 1960 se stalo součástí okresu Český Krumlov.
